Τα Διοικητικά Δικαστήρια κατά την εκδίκαση του ενδίκου βοηθήματος ουσίας της φορολογικής προσφυγής, δεν περιορίζονται μόνο σε έλεγχο νομιμότητας της προσβαλλόμενης πράξης, αλλά εκτείνονται και στον έλεγχο της ουσίας της υποθέσεως
Έτσι, επιτρέπεται το Διοικητικό Δικαστήριο να λάβει υπόψη του αποδεικτικά στοιχεία που προσκομίζονται για πρώτη φορά ενώπιόν του από τον διάδικο φορολογούμενο.
Στο πλαίσιο αυτό και στο πλαίσιο της ελεύθερης εκτίμησης και αξιολόγησης των αποδεικτικών στοιχείων, τα Διοικητικά Δικαστήρια δύνανται να λάβουν υπόψη τους όλα τα στοιχεία που προσκομίζει ο διάδικος φορολογούμενος, ακόμα και αν δεν τα είχε ήδη προσκομίσει ενώπιον της Διεύθυνσης Επίλυσης Διαφορών (ΔΕΔ) κατά την άσκηση ενδικοφανούς προσφυγής ή ενώπιον της αρμόδιας φορολογικής αρχής κατά το στάδιο του ελέγχου.
Ειδικότερα, σε απόφασή του το ΣτΕ διατύπωσε ότι η ανωτέρω παραδοχή είναι επιτρεπτή, υπό την προϋπόθεση ότι τα εν λόγω στοιχεία συνδέονται είτε με ισχυρισμούς που έχει ήδη προβάλει ο φορολογούμενος με την ενδικοφανή προσφυγή του με σκοπό να τους συμπληρώσει και όχι να τους μεταβάλει, είτε με αιτιάσεις που περιλαμβάνονται στην απόφαση της ΔΕΔ επί της προσφυγής.
Το ίδιο ισχύει και στην περίπτωση που τα νέα στοιχεία δεν τέθηκαν υπόψη της αρμόδιας φορολογικής αρχής, με το ΣτΕ να σημειώνει στην ίδια απόφαση ότι επιτρέπεται η λήψη υπόψη και αυτών των νέων στοιχείων χωρίς αυτό να υποδεικνύει διάθεση του Διοικητικού Δικαστηρίου να προβεί σε πρωτογενή φορολογικό έλεγχο καθ’ υπέρβαση της δικαιοδοσίας του.
Η κλήση σε ακρόαση του προσφεύγοντος φορολογουμένου ενώπιον της ΔΕΔ είναι δυνητική, ενώ καθίσταται υποχρεωτική μόνο εφόσον πληρούνται συγκεκριμένες προϋποθέσεις. Σε υπόθεση ενώπιόν του, το ΣτΕ, ερμηνεύοντας τη σχετική διάταξη νόμου περί δικαιώματος ακροάσεως στο πλαίσιο άσκησης ενδικοφανούς προσφυγής, έκρινε ότι η ΔΕΔ δεν υποχρεούται, αλλά απλώς δύναται να καλέσει τον υπόχρεο σε ακρόαση για να αναπτύξει περαιτέρω τους ισχυρισμούς και τα επιχειρήματα, τα οποία οφείλει ήδη να έχει αναφέρει εκτενώς στην προσφυγή του, και μάλιστα θεμελιωμένα με όλα τα απαραίτητα αποδεικτικά στοιχεία.
Υποχρέωση κλήσεως σε ακρόαση του προσφεύγοντος γεννάται μόνο εφόσον η αρμόδια φορολογική αρχή θέσει υπόψη της ΔΕΔ νέα στοιχεία ή πραγματικά περιστατικά, τα οποία περιήλθαν εις γνώσιν της μετά την έκδοση της προσβαλλόμενης πράξης και συνεπώς, δεν θα μπορούσε να τα γνωρίζει ο φορολογούμενος προκειμένου να τα αντικρούσει μέσω της προσφυγής του. Η ανωτέρω υποχρέωση κλήσης δεν βρίσκει εφαρμογή στην περίπτωση που τα νέα στοιχεία προσκομίζονται από τον φορολογούμενο.
Ωστόσο, ακόμα και στην περίπτωση που θεμελιώνεται υποχρέωση κλήσης, η ΔΕΔ δεν υποχρεούται να καλέσει σε ακρόαση τον υπόχρεο, εάν δεν εκδώσει ρητή πράξη απορριπτική της ενδικοφανούς προσφυγής, αλλά απορρίψει σιωπηρώς την προσφυγή με την άπρακτη παρέλευση της προβλεπόμενης στον νόμο προθεσμίας, δεδομένου ότι η κλήση σε ακρόαση αποβλέπει στην ενημέρωση του διοικητικού οργάνου πριν αυτό διαμορφώσει την κρίση του επί των τιθέμενων με την ενδικοφανή προσφυγή ζητημάτων και εκδώσει ρητή πράξη επ’ αυτής.